연세대학교의 본관건물인 스팀슨관의 맞은편에 위치하고 있다. 이 건물은 미국 북감리 교회 최초의 선교사이자 배재학당을 설립한 아펜젤러(H.G. Appengeller)를 기념하기 위하여 미국 매사추세츠주 피츠필드시의 제일감리교회의 기부금으로 지어졌다. 스팀슨관과 언더우드관과 마찬가지로 화학과 교수인 밀러의 감독하에 1921년 짓기 시작하여 1924년에 완성되었다. 아펜젤러관은 스팀슨관과 언더우드관의 두 건물과 함께 'ㄷ'자형의 캠퍼스를 구성하며, 중앙에 있는 언더우드관의 오른쪽에 자리잡고 있다. 이 건물의 구조와 양식등은 두 건물과 서로 유사한 고딕풍이다. 평면구조는 장방형으로 지하 1층, 지상 2층의 석조건물이다. 본래는 이학관(理學館)으로 자연과학계의 교사로 쓰였으나, 해방 후 상경관(商經館)으로 상경계통에서 사용하였으나, 현재는 행정관으로 활용하고 있다.

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