1581년(선조 14) 서기(徐起)에 의하여 주자(朱子)를 비롯, 이존오(李存吾)·성제원(成悌元)·이목(李穆)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 임진왜란 때 소실되었다가 1610년(광해군 2)에 복원하고 1624년(인조 2) 조헌(趙憲)을 추가 배향하였다. 1625년 ‘충현(忠賢)’이라 사액되었으며, 그 뒤 김장생(金長生)·송준길(宋浚吉)·송시열(宋時烈)을 추가 배향하여 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여 왔다. 1871년(고종 8)에 대원군의 서원철폐령으로 훼철된 뒤 서원터에 설단(設壇)하고 향사를 지내오다가 1976년에 복원하였다. 경내의 건물로는 3칸의 사우(祠宇), 중앙의 신문(神門)과 양옆 협문(夾門)으로 된 삼문(三門), 6칸의 재실(齋室), 충현서원 사적비, 충현서원 사실 및 송우암추향비, 하마비(下馬碑) 등이 있다.

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